【準々決勝】9/2(水)
【準決勝】10/7(水)
【決勝】1/4(月)
※各グループの1位チームの4チーム（川崎フロンターレ、セレッソ大阪、北海道コンサドーレ札幌、柏レイソル）と2位チーム内の上位1チーム（名古屋グランパス）と、AFCチャンピオンズリーグ出場3チーム（横浜F・マリノス、ヴィッセル神戸、FC東京）の計8チームにより、1試合制のトーナメント戦を行う。
【第1節】2/16(水)、【第2節】8/5(水)、【第3節】8/12(水)
| チーム | 勝点 | 試合数 | 勝 | 分 | 負 | 得点 | 失点 | 得失点 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  川崎Fフロンターレ(★) |
7 | 3 | 2 | 1 | 0 | 10 | 5 | 5 |
| 2 |  名古屋グランパス(★) |
7 | 3 | 2 | 1 | 0 | 6 | 2 | 4 |
| 3 |  鹿島アントラーズ |
3 | 3 | 1 | 0 | 2 | 5 | 6 | -1 |
| 4 |  清水エスパルス |
0 | 3 | 0 | 0 | 3 | 3 | 11 | -8 |
| チーム | 勝点 | 試合数 | 勝 | 分 | 負 | 得点 | 失点 | 得失点 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  セレッソC大阪(★) |
9 | 3 | 3 | 0 | 0 | 8 | 1 | 7 |
| 2 |  浦和レッズ |
6 | 2 | 1 | 0 | 1 | 5 | 3 | 2 |
| 3 |  ベガルタ仙台 |
3 | 2 | 0 | 0 | 2 | 2 | 8 | -6 |
| 4 |  松本山雅FC |
0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 4 | -3 |
| チーム | 勝点 | 試合数 | 勝 | 分 | 負 | 得点 | 失点 | 得失点 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  北海道コンサドーレ札幌(★) |
7 | 3 | 2 | 1 | 0 | 6 | 2 | 4 |
| 2 |  サンフレッチェ広島 |
4 | 2 | 1 | 0 | 1 | 3 | 2 | 1 |
| 3 |  横浜横浜FC |
4 | 3 | 1 | 1 | 1 | 2 | 3 | -1 |
| 4 |  サガン鳥栖 |
1 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 4 | -4 |
| チーム | 勝点 | 試合数 | 勝 | 分 | 負 | 得点 | 失点 | 得失点 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  柏レイソル(★) |
9 | 3 | 3 | 0 | 0 | 5 | 1 | 4 |
| 2 |  ガンバG大阪 |
4 | 3 | 1 | 1 | 1 | 3 | 3 | 0 |
| 3 |  湘南ベルマーレ |
3 | 3 | 1 | 0 | 2 | 2 | 3 | -1 |
| 4 |  大分トリニータ |
1 | 3 | 0 | 1 | 2 | 2 | 5 | -3 |
※1回戦総当たりのリーグ戦。ただし、Bグループにおいては、松本はグループステージ第2節以降の試合を実施しないため、3チーム（仙台、浦和、C大阪）で1回戦総当たりのリーグ戦を行う。グループC「広島×鳥栖」は開催中止となったため、規定により両チームに勝点1を加算。
※各グループの1位チームの4チームと2位チーム内の上位1チームがプライムステージに進出。★=プライムステージ進出チーム
